Budowę Szkoły Podstawowej nr 9 w Olkuszu rozpoczęto w 1987 r. Po dwóch latach – 1.09.1989 r. – oddano do użytku dwa pierwsze segmenty budynku: B i C. Decyzją Naczelnika Miasta i Gminy Olkusz z 14.08.1989 nastąpiło otwarcie placówki. Naukę rozpoczęło 408 uczniów klas I - III, w 14 oddziałach, pod opieką 16 nauczycieli. Pierwszym dyrektorem szkoły był mgr Jacek Starzyk, zastępcą – mgr Barbara Stojak.

Z upływem lat szkoła rozwijała się, przybywało uczniów, klas, nauczycieli oraz sal lekcyjnych. W roku szkolnym 1991/1992 stanowisko dyrektora objęła mgr Barbara Stojak. Wicedyrektorem została mgr Halina Migas, a od roku 1992 - mgr Teresa Groniewska.
W marcu 1992 r. powołano społeczny komitet rozbudowy naszej szkoły. Stowarzyszenie opracowało statut i dnia 06.07.1992 r. zostało wpisane do rejestru - rozpoczynając działalność. 16.12.1994r. Stowarzyszenie na Rzecz Budowy Szkoły Podstawowej nr 9 w Olkuszu zorganizowało akcję „Bądź z nami”, podczas, której rozprowadzano cegiełki na dalszą budowę szkoły.
Do roku 1994 oddano do użytku trzy następne segmenty budynku: A, D oraz E z aulą, świetlicą, biblioteką, salą informatyczną oraz szatniami. 
We wrześniu roku szkolnego 1994/1995 szkoła stała się pełną ośmiolatką. Naukę pobierało 1244 uczniów w 45 oddziałach pod opieką 70–ciu nauczycieli. Pierwsi absolwenci opuścili szkolne mury 22 czerwca 1995 r.
Warunki nauki i pracy uczniów były dobre, jednak brakowało sali gimnastycznej, przerwano prace budowlane. W 1994 r. Rada Miejska w Olkuszu podjęła decyzję o jej kontynuowaniu. 
W roku szkolnym 1996/1997 stanowisko dyrektora objęła mgr inż. Teresa Groniewska. W tym czasie funkcję wicedyrektorów sprawowały: mgr Alicja Mikrut, mgr Bożena Polakiewicz, mgr Mariola Piątek. 
14 października 1997 roku spełniły się marzenia uczniów i nauczycieli - tego dnia oddano do użytku piękny kompleks sportowy, który ułatwił naszym uczniom odnoszenie sukcesów sportowych. W 1999 r. szkolna baza sportowa wzbogaciła się o boisko do piłki nożnej, a w roku 2000 oddano do użytku boiska do piłki koszykowej i siatkowej.
Kolejnym ważnym wydarzeniem, które miało miejsce 14 października 2000 r., było nadanie imienia oraz sztandaru szkole. Patronem Szkoły Podstawowej nr 9 w Olkuszu został podpułkownik pilot Stanisław Skarżyński. Uroczystość uświetniła obecność syna naszego patrona - pana Macieja Skarżyńskiego. 
W latach 2000-2003 Szkoła Podstawowa nr 9 w Olkuszu stała się po raz pierwszy gospodarzem miejsko - gminnych obchodów Dnia Edukacji Narodowej. Dziewiątka była również organizatorem czterech ważnych konkursów przedmiotowych na szczeblu powiatowym i miejsko – gminnym, które cieszą się dużym zainteresowaniem uczniów i nauczycieli aż po dzień dzisiejszy. Są to: Miejsko – Gminny Konkurs Języka Polskiego „Aby język giętki powiedział wszystko, co pomyśli głowa” (od 2000), Miejsko – Gminny Konkurs Matematyczno – Przyrodniczy „Żyj oszczędnie i w zgodnie z przyrodą” (od 2002), Powiatowy Konkurs Matematyczny klas II – III „Dexte” (od 2003), Powiatowe Zawody Cheerleaders Szkół Podstawowych ( od 2005).
W trosce o zapewnienie właściwej opieki dla dzieci z rodzin w trudnej sytuacji życiowej w roku szkolnym 1999/2000 przy szkole rozpoczęła działalność Świetlica Profilaktyczna. Również w tym roku w wyniku reformy edukacji przeprowadzonej przez Ministerstwo Edukacji nastąpiło oddzielenie szkoły podstawowej od gimnazjum.
W roku 2001/2002 stanowisko dyrektora Szkoły Podstawowej nr 9 w Olkuszu objął mgr Janusz Cieślik, pełniący tę funkcję do dziś. Jego zastępcą jest mgr Alicja Mikrut.
10 kwietnia 2002 odbył się w naszej szkole pierwszy sprawdzian kompetencji dla uczniów klas VI. 
  Ważnym wydarzeniem w życiu szkoły były uroczyste obchody 70 – lecia przelotu Stanisława Skarżyńskiego nad Atlantykiem. Uroczystość z udziałem jego syna, pana Macieja Skarżynskiego odbyła się 15 maja 2003 r. Z tej okazji ufundowano tablicę pamiątkową poświęconą patronowi oraz odsłonięto jego portret. 
26 czerwca 2007 r. w Szkole Podstawowej nr 9 w Olkuszu otwarto nową pracownię internetową finansowaną przez Europejski Fundusz Społeczny. 
14 października 2008 r. po raz drugi w Dziewiątce miały miejsce miejsko – gminne obchody Dnia Edukacji Narodowej. Na uroczystość przybyli między innymi przedstawiciele władz gminnych i powiatowych, dyrektorzy wszystkich placówek oświatowych z gminy Olkusz oraz nauczyciele, którzy otrzymali Nagrodę Burmistrza Miasta Olkusz.
Oprócz przedmiotowych programów nauczania w Szkole Podstawowej nr 9 w Olkuszu realizowanych jest 15 programów własnych opracowanych przez nauczycieli pracujących w tej placówce. Dotyczą one edukacji regionalnej, ekologicznej, bezpiecznego uczestnictwa w ruchu drogowym, pracy terapeutycznej 
z dzieckiem mającym trudności w czytaniu i pisaniu, edukacji wczesnoszkolnej dla dzieci upośledzonych umysłowo w stopniu lekkim, profilaktyki problemów dzieci i młodzieży, gimnastyki korekcyjno – kompensa - cyjnej, program „zielonej szkoły” oraz programy realizowane w ramach kół zainteresowań.
 W naszej szkole każdy uczeń znajdzie dla siebie miejsce. Może zaistnieć na polu nauki, kultury i sztuki, może rozwijać swoje pasje i zamiłowania, być wspaniałym matematykiem i sportowcem, śpiewać, tańczyć i malować, tworzyć świat, w którym on sam jest najważniejszy.